船只的基本操作始于界面左下角的应天府印，点击后选择大地图功能，便能在当前府城的地图界面上看到代表空闲船只的图标或提示，点击该图标即可进入运输准备界面，需要选择另一个已解锁的城市作为目的地，例如从应天府运送至苏州府，随后通过滑动选择需要运输的具体物资种类与数量，确认后点击出发按钮，船只便会开始运送，运输途中船只图标会显示为所载物资的图案，并附有预计到达时间。

高效使用船只的核心原则是人货分离与少量多次，运输居民与运输物资最好分开进行，因为运送居民会额外增加固定的航行时间，而单独运输资源则按每两份资源一分钟计算，混合运输会降低效率，因此安排船运时建议人单独运和物资分开，运货就只运货不要加人上去，同时不要一次运太多物资以避免运输时间过长和途中资源短缺，一般运货量控制在6至8小时比较适宜，并且要预判目的地城市需要什么资源以实现精准补给。

当向一个刚解锁的新城市进行首次运输时需特别留意该城市的仓库容量和基础设施，例如苏州府初期仓库容量有限且没有码头，若一次性运送过多物资导致仓库无法容纳不仅资源无法卸下，连船上的居民也无法登陆船只也会被占用，所以在运货前要确保目的地仓库有足够空间，当运输船只抵达目的地城市后需要切换到该城市的界面，通常在城外的河道上可以找到一艘显示有完成按钮的小型船只图标，点击后即可将运送的所有物资收取至该城市的仓库中完成整个运输闭环，这艘船将恢复为空闲状态可以再次被指派执行新的运输任务。

在居民运输方面当解锁新城市后通常只需要从旧城市运送一次居民过去，之后所有已抽到但未在旧城市入住的人物都可以直接选择在新城市入住无需再次通过船只运输，这个码头最开始是损坏的需要修复修复完毕后才可以在两个城市之间运送物资和特殊居民，值得一提的是码头还可以升级升级码头能增加船只使用数量。